In
1998 verkeert de collectie inmiddels in zorgelijke staat. De
vochtige klimaatcondities in de Esnoga leiden tot schade aan het
vele historische textiel dat tot dan aan toe nog onder in de Ark
lag opgeborgen. Een groot project wordt opgezet om de objecten in
kaart te brengen, vast te leggen en onder betere omstandigheden op
te bergen. Eenvoudige zilver- en textieldepots worden
ingericht.
Vanaf 2000 is een
conservator aangesteld die de collectie verder in kaart brengt.
Tijdens dit project komt de bijzondere kunst- en cultuurhistorische
waarde van tal van objecten naar boven en vele onbekende schatten
worden ontdekt. In 2003 wordt de gehele collectie opgenomen op de
lijst van de Wet tot Behoud Cultuurbezit, waarmee haar
erkenning als bijzonder Nederlands erfgoed formeel is gemaakt.
Tegenwoordig is de zorg voor het erfgoed van de Portugese Synagoge
ondergebracht bij de CEPIG (Cultureel Erfgoed
Portugees-Israëlietische Gemeente) die de taken op gebied van
beheer, behoud en publieksfuncties heeft uitbesteed aan het
naburige Joods Historisch Museum.
In januari 2010 is de grootschalige renovatie van de synagoge en
haar bijgebouwen begonnen en zijn de collecties tijdelijk in
externe depots ondergebracht. In de oude kelderruimten onder de
bijgebouwen worden geheel geklimatiseerde schatkamers voor de
verschillende collecties gerealiseerd. Medio 2011/2012 zullen de
collecties samen met Bibliotheek Ets Haim terugkeren naar de
synagoge waar zij in hun nieuwe schatkamers door bezoekers van de
synagoge te bewonderen zullen zijn.