Na het samengaan van de drie gemeenten tot de Kahal Kados Talmud
Tora in 1639 werden de collecties samengevoegd tot de huidige
collectie. In de ruim vier eeuwen van haar bestaan groeide de
collectie van de Portugese Synagoge tot ruim achthonderd
ceremoniële objecten van zilver en textiel. Topstukken van
edelsmeedkunst uit de zeventiende en achttiende eeuw en
schitterende
mantels van zijde en goud brokaat getuigen van
de welvaart en vele internationale contacten van deze gemeente in
haar grootste bloeiperiode.
De schenkingen van uitzonderlijke objecten neemt af in
de negentiende en twintigste eeuw en het erfgoed van het
verleden wordt in een zorgvuldig aangelegd schema door de gemeente
gebruikt. Gedurende de oorlogsjaren 1940-1945 is een deel van de
collectie verborgen en een deel van de collectie door de bezetter
naar Duitsland overgebracht. De belangrijkste ceremoniële objecten
en de totale bibliotheekcollecties werden in de zomer van 1943
geconfisceerd en naar Duitsland getransporteerd; op 6 april 1946
keerden de meeste stukken terug naar hun historische locatie.
Vanaf ongeveer 1948 geeft de Portugees-joodse gemeente van den
Haag - die eveneens door de oorlog gedecimeerd is - een deel van
haar kostbare ceremoniële objecten aan de Amsterdamse Portugese
gemeente in bewaring. Na de latere opheffing van de Haagse
Portugese Gemeente wordt deze collectie aan de Amsterdamse
collectie toegevoegd. Een aantal stukken wordt in langdurige
bruikleen aan het Joods Historisch Museum gegeven.